regularmente es reemplazando la carpeta
System solamente, pero todo depende de la version.
desde la version tuya hasta la version
3.0.x puedes hacer esa actualizacion de una vez...
https://www.codeigniter.com/user_gui...grade_300.html
solo guiate, la moyoria como te dije es solo sustituir la carpeta SYSTEM pero con algunos archivos fuera de esa carpeta, tienen que ser modificados
OJO no te olvides de hacer una copia de respaldo por si hay algun error