Hay ideas peores que usar Notepad++, creéme, precisamente lo sugerí porque luego de varios años por aquí, hemos visto quienes usan editores mucho más básicos y por ahí se cuelan caracteres que son los responsables de problemas similares al tuyo.
Al margen de tu problema, me parecen muy interesantes tus dos opciones para editar código (Atom y Brackets) y seguramente los estaré probando en breve, pues no estoy muy conforme con el rendimiento de PhpStorm y PhpDesigner.
Ahora, pensando en cosas más genéricas, has probado a cambiar la extensión de las vistas?, no tengo la certeza de que vaya a funcionar, pero es más lógico hacer un include o require de un archivo .php y lo más que puedes perder son 5 minutos. Estoy suponiendo que podrías tener algún plugin de seguridad en tu sistema que pudiera ser el responsable de "deshabilitar" código PHP en archivos con una extensión diferente.
En cuanto a usar paréntesis en directivas, eso ha funcionado desde siempre, simplemente no es de mi agrado ver códigos así, porque puede resultar confuso.
Código PHP:
Ver original// La codificación "correcta" para directivas:
echo 'Esto es un texto';
include 'archivo.php';
include_once 'otro_archivo.php';
// Codificar directivas como funciones:
echo('Esto es un texto');
require('archivo.php');
Como dije, no es que una forma sea correcta y la otra no, prefiero codificar las directivas sin paréntesis, para poder diferenciarlas de las funciones.