Solo retornas los marcadores en un objeto JSON y luego se los pasas a initMap, como ves en mi ejemplo donde ves que le coloco la x como null en la funcion para cargar data por defecto si la ubiera, te dejo un ejemplo, pero cargando los datos iniciales del mapa con ajax:
http://jsfiddle.net/xfxstudios/14g0mkxu/52/