Suma de tabla dinamica

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primero tienes que crear el escucha del EVENTO en javascript, luego, tratar de identificar el el INput de Entrada, y el de salida, para ello, cada Elemento HTML deberia ir Identificado

y con ello creo que lo mejor es que cambies un poco el HTML que te da PHP

por que el atributo ID de un elemento html debe ser UNICO ya que se considera como identificador,

bueno lo bueno es que javascript no es estricto, te dejo las funciones que necesitaria tu codigo, son funciones apra navegadores modernos, si queires adaptala para navegadores antiguos

recuerda que el "script" debe ir al final de tu tabla ,
el codigo puede contener errores de sintaxys, no hagas copy paste, solo comprende y si ay funciones no que no entiendas como funciona, GOOGLEA

Código HTML:

<script type="text/javascript">
  //creamos la funcion de Evento "input" sucesor del "change"
  function escucharInputDeCantidad(evento){
    var input_cantidad= evento.target;//necesitamos saber que Input es para Obter su PADRE = td luego el padre del padre TR , el cual contiene el resultado
    var tr = input_cantidad.parentElement.parentElement;
    var input_subtotal=tr.querySelector('#SUBTOTAL_CU');
    var input_unitario=tr.querySelector('#UNITARIO');
    
    //ahora hacemos la mutiplicacion con valores
    let variable_cantidad = ParseInt(input_cantidad.getAttribute('value'));
    //comprobamos que  sea un numero valido en la cantidad
    if(variable_cantidad<1){ return ; }
 
    let subtotal = ParseFloat(input_unitario.getAttribute('value')) * variable_cantidad;
    //El subtotal lo enviamos al INPUT correspondiente
    input_subtotal.setAttribute('value',subtotal);
    //buscamos 
    //Ahora para ejecutamos la Funcion para Calcultar el TOTAL global
    obtenerElTotal();
  }
  function obtenerElTotal(){
    var total=0;
    document.querySelectorAll('tr input#SUBTOTAL_CU').forEach(function(subtotal_input){ 
      let subtotal= ParseFloat(subtotal_input.getAttribute());
      if(subtotal>0){
        total = total + subtotal;
      }
    ;});
    alert(total);
  }
  //elegimos todos los elementos input ( name="cantidad[]") y le añadimos el EVENTO de "input" sucesor del "change"
  document.querySelectorAll('tr #CANTIDAD').forEach(function(el_input){ 
    el_input.addEventListener('input',escucharInputDeCantidad);
  ;})
</script>