Hola:
Te había comentado que al tratarse de un array no sería tan fácil... y aprovecho para indicarte un error que tiene tu código: un atributo id debe ser único, y por el código deduzco que al menos repites el id="UNITARIO"... "CANTIDAD"...
Una posible solución es que acompañes ese id con un número (que incrementarías en cada iteración del bucle)... así Podría quedar "Cantidad_2"... entonces al modificar la cantidad, por el id podrás relacionar su respectivo precio...
Una observación: cuando llevan un juego de corchetes (por su tratamiento con php supongo), el nombre en javascript también debe llevar ese juego de corchetes, y detrás el índice... Creo que algo hay en este artículo:
El abc de los formularios.
Saludos
