Lo que deberías hacer para descartar un problema de php es construir un html básico de este tipo y ver qué devuelve realmente php cuando recibe las variables que espera:
Código HTML:
<form method="post" action="Login.php">
<input name="username" type="text" placeholder="user">
<input name="password" type="password" placeholder="pass">
<button>test</button>
</form>
Si hecho eso php sigue con respuestas extrañas, el problema es de php y merece la pena que sigas consultando en este foro. Si en cambio responde correctamente, tendrás que analizar tu javascript, que creo que allí debes tener el problema.