Hola,
Bueno, puede que este deshabilitada la funcion. Y si, los cambios solo afectan al script. Pero si miras en el manual
www.php.net/ini_set , veras que no todos los valores se pueden cambiar con ini_set(). Unos solo se pueden cambiar en el php.ini.
Si detallas el caso concreto, quizas se te pueda ayudar.
Saludos.