Si entendi bien, lo que nesecitas puede hacerse escribiendo este código al principio de cada archivo:
Código PHP:
<?php
//Usuario.php es el nombre del archivo que no quieres
//que se ejecute directamente
if(eregi("usurio.php",$_SERVER['PHP_SELF']))
{
echo"No puedes acceder a este archivo directamente";
exit;
}
?>
Un saludo.