Usa urldecode() y urlencode() respectivamente .. el "encode" a la hora de generar tu link con esa variable (sólo aplicalo al valor de la variable en cuestión .. no a todo el link ..) y el "decode" en la sección del script que proceses ese dato ..
También puedes usar rawurlencode() y rawurldecode() y .. a malas base64encode() y base64decode() ..
www.php.net para más info.
Un saludo,