Hola acervantes:
Sin duda tener organizado tu sitio es lo mejor que puedes hacer, y estoy seguro que en vez de ralentizarlo lo que hace es optimizarlo, pero la organización tienes que ver que sea coherente,... si al abrir una página, debido a la "organización" tiene que buscar "elementos" en distintas carpetas, yo diría que no está bien "organizada"... (Estpy seguro que no es tu caso)
De todos modos muchas veces hay algo así como "sobrecarga en la red", y una página muy bien organizada tarda bastante en ser servida...
Saludos
