Si tubieras control sobre tu servidor .. podrías configurarlo de tal forma que los .inc los "parseara" el interprete de PHP ... así al pedirlo al servidor no te lo entregararía como descarga sino que lo ejecutaría ..
La solcuión más simple es la de poner la extensión final como .php .. y si es un "include" .. si usas blabla.inc.php .. mejor lo identificaras en tu sistema de archivos ...
También .. si "subes" tu archivo .inc FUERA de tu documen root (donde ejecutas tus páginas HTML...etc) no sería necesario que cambiases la extensión a .php .. pues estarían "fuera" del alacance de accesos vía
http://www.tal.tal/archivo ..
En un servicio de hosting por ejemplo .. el "document root" suele ser los famosos /public_html o similar .. si los colocas "fuera" de ese directorio y haces llamadas con ruta "absoluta" (/var/nose/www/includes/aqui.inc) a tu archivo en tu include() .. se acaba el problema ...
Un saludo,