Usa:
Código PHP:
set_time_limit(0);
Al principio del script que haga ese proceso de "INserts" ...
De todas formas .. mm no sé si phpMyadmin tiene algúna variable de configuración para ajustar el "time out" .. revisa su config.inc.php (y si no tienes acceso al mismo .. instalatelo en tu dominio y "prueba)...
Un saludo,