No me parece PHP el lenguaje mas adecuado para acceder directamente al hardware. De todas formas, si mirais en los comentarios de los usuarios en la funcion fopen() (
www.php.net/fopen), comentan como en windows puedes acceder al puerto serie con fopen() abriendo el "fichero" COM: (como en DOS).
Y no se si es facil manejar el puerto serie con Java, pero con la extension Java de PHP (
www.php.net/java), puedes ejecutar clases java desde codigo PHP.
Y tambien podriais hacer un servidor en C/C++ (u otro lenguaje) que realizase la conexion con el hardware, y que se pueda controlar desde PHP con sockets (fsockopen()). Incluso podria ser un servidor SNPP.
Exactamente no se cual es la idea de vuestra aplicacion. Pero si es una especie de gestion de SMS, podrias abstraer lo que es el envio fisico del SMS. De esta forma podrias hacer distintas implementaciones del envio. Una podria ser directamente via cable serie, otra conectandose via protocolo SNPP a un servidor SNPP, otro via HTTP, otro via SOAP, .... Asi hariais la aplicacion independiente del modo de envio.
Saludos.