En ese caso podrias mirar si te sirve LOAD DATA (
http://www.mysql.com/doc/en/LOAD_DATA.html). Te permite cargar datos en MySQL directamente desde un fichero con formato. Creo que maneja facilmente CSV. Eso si, no se si funciona en todos los hostings. Pero por probar no pierdes nada. Te ahorrarias el leer con PHP el txt. Creo que tambien hay algun mensaje en el foro sobre esto. Mira en el buscador.
Suerte.