Yo he tenido un problema parecido con un archivo de más de 2000 ergistros y lo que hecho (y no se si es lo mejor) es exportar el archivo de excel como txt con texto delimitado con tablulaciones (\t) aunque lo puedes hacer sin problemas con ";", ese archivo lo leo desde una pagina .php para que me muestre un echo que luego puedo copiar y guardarlo como .sql el cual puedo ejecutar tantas veces quiera por si tenga problemas posteriores en mi BD
el código que tengo para mi pagina es:
<table border="0" width="150%">
<?php
$fp = fopen("alumnos.txt", "r");
while (!feof($fp)) {
$buffer = fgets($fp, 4096);
$cad=explode("\t",$buffer);
echo "<tr><td>";
echo "insert into usuario(usr_codigo,tip_codigo,usr_nombre,usr_apell idop,usr_apellidom,usr_estado) values(".$cad[0].",1,".$cad[3].",".$cad[1].",".$cad[2].",0);";
echo "</td></tr>";
}
fclose ($fp);
?>
</table>
al ejecutar me muestra una pagina diciendo:
insert into alumno("A001",1,"Juan","Bances","Torres",0);
esto lo puedo copiar y pegarlo en el block de notas y guardarlo como .sql
otra cosa que puedes hacer es guardarlo directamente en un archivo .sql (via codigo .php)
Suerte!