Los "0" de esta función .. definen las coordenadas desde donde se toma de la imagen original para "copiar" ..
Código PHP:
ImageCopyResampled ($imagen,$fuente,0,0,0,0,$ancho,$alto,$size[0]-$quitamosancho,$size[1]-$quitamosalto);
Ajustalos a tus necesidades (usando un poco de matemáticas .. podrías obtener las dimensiones del cuadrado que quieres recortar de tu imagen original. En $ancho y $alto tienes las dimensiones originales ..)
más info:
http://www.php.net/manual/es/functio...yresampled.php
Un saludo,