Lee tu directorio como ya lo estarás haciendo para obtener el nombre del archivo .. y .. usa un contador en tu bucle que usas para leer esos archivo. Copia los archivos "renombrados" hacia otro directorio para evitar problemas y borra el archivo original tras el copiado a otro directorio con el nombre que le das secuancialmente ..
Te lo detallo en psudo-código:
Código PHP:
// inicias el contador ...
$contador=1;
bucle (....){
// Lógica para obtener el nombre del archivo ...
// renombras el archivo.
copy($nombre_archivo_original,"otrositio/".$contador.".php")
// borras el archivo original ..
unlik($nombre_archivo_original);
// Lo incrementas una unidad.
$contador++;
}
Un saludo,