tomar datos de un archivo de texto

[Cluster]

Pues para eso tienes funciones como is_file() para chequear que no tengas ese archivo del mismo nombre en tu servidor (antes de que lo puedas haber borrado) .. Tambien puedes cambiar el nombre cuando lo dejes en su destino definitivo atendiendo a los otros archivos que tengas para que no se repita .. o generar un nombre "temporal" aleatorio (un MD5() por ejemplo te serviria en función de time() .. )

Y cuando subas el archivo y lo proceses .. le haces un unlink() para borrarlo.

Si por A o B motivo te quedaron archivos sin borrar .. puedes hacerte un pequeño script que haga un unlink() de todo lo que tenga ese directorio temporal .. a intervalos de tiempo y que lo heche andar todo esto un CRON tab de sistema (Linux . si usas windows será un "Programador de tareas o similar" ...)

Un saludo,