Hola,
En el bucle tienes que mirar si la entrada es un directorio, y si lo es muestras un link al script pasandole como parametro el nombre del subdirectorio, y si no es un directorio, el link que usas ahora. Puedes comprobarlo con is_dir() (
www.php.net/is_dir).
Y tendrias que modificar tu script para que recoja ese parametro y lo use para decidir el directorio a recorrer.
Saludos.