alexa10 ... no sé si no salieron los \ de escape (caracteres) pero tal cual se vé esa sintax de uso (PHP) .. no es correcta. (por el uso de comillas dobles sin \" (escapar) entre un "entrecomillado" con comillas dobles.)
Puedes usar sintax HERE DOC y no complicarte con escapes y demás sintax .. también puedes "romper" PHP en ese punto ..
Pero el problema no es (según lo que se vé de javascript) de PHP .. es de tu própio javascript.
Código PHP:
echo "<SCRIPT LANGUAGE='JavaScript' src='alert.js'></SCRIPT>";
El "src" va en la mismo tag de <script .... aquí ....>
Un saludo,