Hola,
¿No sera fallo de tu .js? Prueba a usar ese script directamente en HTML. Sustituye esa linea por:
Código PHP:
?>
<script language="JavaScript" src="alert.js"></SCRIPT>
<?php
Luego verifica que en el navegador se ve en "ver codigo fuente". Y si no funciona, crea un HTML que solo tenga ese <script>. Y si no funciona, es un problema de javascript.
Saludos.
PD: ¿Que mecanismo tiene PHP para incluir un mismo codigo en multiples scripts? Pues el include(). Como ultimo recurso, podrias poner el echo que te funciona en un .php aparte, e incluirlo con un include(). Asi lo tienes en un solo fichero. Pero esto como ultimo recurso. Prueba antes a ponerlo como HTML.