Yo creo que eso sólo se puede hacer con el archivo que se abre por defecto, o sea el "index.php" para cada carpeta.
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da lo mismo poner:
www.misitio.com/index.php?var=1
que poner
www.misitio.com?var=1
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o en otros niveles, es igual:
www.misitio.com/carpeta2/index.php?var=1
que:
www.misitio.com/carpeta2?var=1
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Saludos
