Pues .. eso ..
Pregunta en el foro javascript como abrir una ventana y como usar los "alert()" o "confirm()" de javascript.
La parte PHP será sólo "generar" ese código javascript si tu función PHP devuelve true o false ...
Código PHP:
if (funcion_nosecuantos($parametros)){
// generas tu "alert() o confirm() de javascript"
echo "<script languaje=\"javascript\">....</script>";
} else {
// otra cosa
}
Un saludo,