Hola kahlito,
los que inserta dreamweaver son frames. No le he encontrado nunca una opción para poner iframes, de hecho, si insertas uno desde el código fuente luego en la vista código no muestra nada, hay que hacer una previsualzación con el navegador para poder verlo.
respecto a lo de los problemas con los buscadores es relativo. Si bien la mala fama es cierta, se puede resolver fácilmente con unas líneas de script que se aseguran de que no cargue ninguna página huérfana.
De todas formas con el tiempo los frames están llamados a desaparecer. No sé si saldra algo equivalente
