Lo que pasa es que "onClick" es una sentencia de JavaScript y se ejecuta de lado del cliente, o sea en el navegador. Para que te des cuenta, selecciona "ver código fuente" en tu navegador en la página del formulario. Verás que dice onClick="".. o sea que no hará nada con ese onClick (espero que se entienda).
Cluster publicó en las FAQ's del foro algún ejemplo de manejo de checkbox con PHP. Léelo a ver si te sirve de punto de partida.
Saludos
