Hola,
Pues tendrias que poner el contenido de ese array en un campo oculto del formulario, o pasarlo como parametro por la URL con la que llamas al script PHP. Y cuando se carge el script, lo recoges con $_POST o $_GET, segun corresponda.
Lo ideal seria pasarlo serializado en el mismo formato que lo serializa PHP (ver FAQs). Pero como no se como lo serializa javascript, pues no se que decirte. Si el array no tiene indices (bueno, los tiene pero son numeros correlativos de 0 a n), y los valores no contienen comas, podrias pasar el array como una cadena con los elementos separados por comas. Luego en PHP haces un explode() (
www.php.net/explode) por la coma, y tendras el array original.
Y creo recordar que ya se pregunto algo parecido y que se soluciono. Mira si poniendo en el buscador 'serializacion javascript' sale algo.
Suerte.