En ese caso la sintaxis javaScript sería algo así:
Código PHP:
echo "<script language=\"javascript\" src=\"scripts.js\"></script>";
//con esto llamas vía JavaScript al archivo para que estén
//disponibles las funciones que tienes ahí definidas.
//Ahora sí puedes escribir la llamada a la funcion
echo "<script>\n
VentanapopUp('helpsite.php')\n
</script>";
Estos dos "echo" pueden estar dentro del mismo case.
Saludos