Hola,
4) PHP no borra los ficheros inmediatamente. Hay que esperar a que pase el "recolector de basura" (nombre tecnico). Se controla ese recolector con las directivas session.gc_*.
Y si lees el manual (
www.php.net/session), este gc usa el atime de los ficheros. Y en sistemas FAT (w98) no existe esa propiedad en los ficheros. Asi que si tu sistema es FAT, nunca se van a borrar los ficheros.
1), 2) y 3), puede ser por problemas de configuracion de la propagacion del ID de sesion. ¿Lo propagas por cookie o por URL?
Saludos.