Hola,
1) Pues ni idea. Creo que el problema es que no pueden leer los PDFs, peor no estoy seguro.
2) Si, para las extensiones hay que recompilar. Y alguna de esas librerias (o todas) son de pago.
3) Hombre, son menos eficientes que codigo C. Son mas lentas. Sobre lo que pueden hacer, mira en sus paginas web. Las 2 que conozco: fpdf (
www.fpdf.org) (la que usado yo); y R&OS (
www.ros.co.nz/pdf/) (la que recomienda Cluster).
Busca, compara y si encuentras algo mejor, dinoslo.
Suerte.