En cuanto a las versiones .. tanto para Linux como para Windows .. usar las últimas versiones de todo lo que has mencionado. Cada versión que sale suele reparar "bug" de anteriores versiones.
Apache, PHP .. Mysql .. vienen de entonor *NIX (Linux .. ) .. lo que pasa que ahora se ha hecho "popular" para windows desde el momento que empezaron a liberar las versiones compiladas para windows al mismo tiempo que las de Linux.
Todas las versiones para Linux de Apache, de PHP .. o de Mysql los tienes en sus webs oficiales respectivas:
www.php.net www.apache.org www.mysql.com
También puedes usar "RPM's" para instalar todo esto .. es más .. la mayoría de distribuciones de Linux (Red Had, etc ..) ya incorporan esos paquétes .. así que sólo tienes que decir "si lo instalo" cuando instales tu distribución de Linux .. Eso sí, verifica las versiónes de todo esto que instale pues a veces suelen ser "viejas" ...
Tienes RPM's para tu distribución de Linux en:
http://rpmfind.net
El .."MySQLFront 2.5 para Windows" es un GUI para Mysql .. igualmente si usas Mysql en Linux puedes seguir usandolo (desde una maquina Windows) hacia tu Mysql en Linux siempre y cuando tengas un usuario creado con permisos de acceso a host remoto (HOST % .. o la IP de ese PC).
phpMyadmin es el GUI más famoso para Mysql .. entre otras cosas por qué está escrito en PHP .. así que si usas lo normal "PHP+Mysql" .. es normal y típico que lo uses .. Pero, como ya te he comentado, una cosa es el "Motor" de base de datos (en este caso Mysql ..) y otra bien diferente los "GUI" (graphical User Interface) que te permiten gestionar tus BD Mysql en este caso ...
De phpMyadmin tienes documentación en su manual .. Y recuerda que es un GUI .. así que lo que debes aprender es SQL de Msyql y como funciona Mysql en sí .. ademas de "modelo de datos" .. normalización y otros temas (por si los desconoces). phpMyadmin sólo te ayudará en la taréa de creación de tus BD y mantención de estas + administración de Mysql (usuarios .. etc) pero al final . lo único que hace es "lanzar" comandos SQL a tu Mysql .. el cual está definido (el lenguaje de consultas SQL) en su manual oficial de su web.
Un saludo,