Propagando el SID de forma manual en redireccionamientos que hagas tipo:
header("Location: ....") o de javascript (window.location ...) o etiquetas de refresh incluso.
El resto puedes deja a PHP que propague el SID de forma automática (sin uso de cookies) reescribiendo el resto de tag HTML de links, formularios (en campos hidden) .. etc.
Desactiva el uso de cookies para la propagación del SID:
session.use_cookies = 0
(en tu php.ini o via ini_set() lo puedes hacer).
Usa (opcional):
session.use_trans_sid = 1
(para que PHP reescriba automáticamente los links, formularios .. etc y añada el SID ..)
Por lo demás .. el SID lo puedes obtener de dos formas:
Usando la constante SID .. o formando el SID vía:
$miSID=session_name()."=".session_id();
Y eso será lo que tienes que añadir a tus links .. redireccionamientos .. etc. Lo tienes que hacer en todo paso de una página a otra (script a otro script) según como lo hagas. Si te dejas algún SID sin propagar entre alguna página la sesión se iniciará denuevo en la página que te olvidastes propagar el SID y perderás las variables de sesión que tengas (un problema común que suele ocurrir cuando se propaga el SID de forma "manual" sin cookies).
Más info en la documentación oficial de PHP al respecto:
http://www.php.net/manual/en/ref.session.php
Un saludo,