Mea culpa, no me fije que eran comillas simples '.
Dentro de esas comillas PHP no realiza la sustitucion automatica de las variables por sus valores. En este caso tendras que usar la concatenacion:
Código PHP:
echo '<tr><td> <input type=checkbox name="borra[]" value="'.$Id.'"> </td>';
mas info sobre cadenas:
http://www.php.net/manual/en/language.types.string.php
Saludos.