En el manual de Mysql hablan del tema de los "charset's":
http://www.mysql.com/doc/en/Charset-connection.html
Parece que se puede definir por defecto vía my.conf
[mysql]
default-character-set-name=character_set_name
o ejecutando la consulta:
SET CHARACTER SET ...
También hablan del tema en:
http://www.mysql.com/doc/en/Charset-metadata.html
Sería interesante que si alguien prueba el tema nos comente sus esperiencias .. como para hacer una FAQ. El tema es recurrente.
Un saludo,
PD: parece (no lo he confirmado) que el charset UTF-8 sólo es soportado por Mysql directamente desde la versión 4.1.x en adelante.