Principalmente rutas absolutas. Si usas alguna ruta tipo: c:\algo\ .. en linux debes emplear /algo/ .. según corresponda.
Por lo demás .. los "problemas" al migrar de "servidor" son más bien de la configuración que puedas estar usando en tu "windows" y la que usaras en Linux. Todos esos detalles los puedes comparar haciendo un phpinfo() .
También hay grupos de funciones que sólo existen para la versión windows de PHP. Pero, eso lo detalla cada función en su docuementación (
www.php.net) si hay algún tipo de restricción.
Las llamadas a comandos del sistema también serán diferentes (si usas algún exec() o system() y similares) .. Por qué acceden directametne al S.O. del servidor .. pero si no los usas, no tendrás problemas ahí.
Un saludo,