Hola,
Se te ha olvidado añadir [] al final del nombre de tus checkboxes en el formulario:
<form name="formulario" action="index.php" method="get">Chajari<input type="checkbox" name="seleccion[]" value=6 >Santa Fe<input type="checkbox" name="seleccion[]" value=2 >
<input type="submit" name="enviar" value="Eliminar"></form>
Y luego con:
Código PHP:
$valores=$_GET['seleccion'];
tienes en $valores un array con los seleccionados. Luego puedes recorrer el array como quieras.
Saludos.