Subir Archivos .txt de 40MB, comprimir -> upload, es posible?

[acervantes]

trataré de explicarme lo mejor posible:
- diariamente tengo que actualizar las bases de datos de mi site (desde sistemas en mi red coorporativa).
- de mis sistemas genero archivos de texto por cada tabla; existen algunas que llegan casi a los 40 mb y pueden crecer.
- levanto via ftp estos archivos y luego desde el phpmyadmin actualizo las tablas de las distintas bases de datos.
que quiero lograr:
- que los usuarios generen estos archivos .txt
- via el web suban estos archivos y automaticamente se actualice la información (*).
(*) como lo pienso solucionar (aqui necesito de uds. o tal vez sepan de mejor manera de hacerlo):
- comprimir los archivos .txt (windows)
- desde páginas php, levantar los archivos comprimidos (upload) y que automáticamente los descomprima y actualice las bases de datos.
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mis dudas:
- como comprimir desde windows en .gz;
- es una solución óptima?
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indispensable:
- que este procedimiento lo hagan los usuarios
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mi servidor web es UNIX.

muchas gracias por atención prestada al presente y espero me puedan ayudar.

un abrazo,