Para que haga todo lo que quieras en una línea no se me ocurre aún... pero si utilizas GROP BY te podrás ahorra un montón de código:
SELECT id_prueba_1, COUNT(*) FROM `prueba_2` GROUP BY id_prueba_1
SELECT id_prueba_1, COUNT(*) FROM `prueba_3` GROUP BY id_prueba_1
SELECT id_prueba_1, COUNT(*) FROM `prueba_4` GROUP BY id_prueba_1
Todo esto sin hacer el primer while
Saludos