Pues no necesariamente, aunque sí es cierto que se usan bastante.
El inconveniente de los includes es que no se pueden usar con una variable, ahí te explico:
un include si inserta con un código tal que este
<--!#include file="pepe.htm"-->
y debe interpretarlo el servidor con lo cual, en el momento de llamar a la página, pepe.htm yá debe estar definido en el include. No se puede definir desde javascript, dado que actúa en el cliente.
Incluso aunque uses asp no se puede usar una variable, tal que...
<!--#include file="<% variableDeASP %>"-->
(aunque se puede simular usando otras opciones, pero eso sí yá sería con asp)
Pero para lo que sí puedes usarlos es para incluír la parte fija de cada una de tus páginas. En vez de incluír una sección dentro de un documento con un include, hazlo al revés. En cada una de tus secciones, deja que sea un include el que se encargue de insertar las partes no cambiantes de tu web, como encabezado, menú etc.
Por ejemplo, en donde deba aparecer el menú, pones un include a menu.html. Así si un día cambias el menú sólo habrás de hacerlo en el archivo menu.html y se mostrará el nuevo en todas y cada una de las secciones que yá lo tenían incluído.
No sé si logro explicarme....
