Hola,
Mira, no es solo los scripts. Los de la empresa de hosting tienen acceso a todos los ficheros y datos que metas en su hosting. Como los datos de tus clientes que metes en tus bases de datos.
Por eso los hostings deben ser de confianza. Si un hosting roba informacion de sus alojados, puede que tenga poco futuro. Si mi hosting me roba informacion, pongo un mensaje advirtiendo del hecho en todos los foros con seccion de hosting (foros del web el primero, bueno detras del foro de la empresa de hosting). Claro, primero me aseguro que es cierto. Pero si lo hago, el boca a boca puede llegar a hundir su negocio de hosting.
Las empresas de hosting serias se preocupan de que nadie pueda acceder ilegalemente en tu cuenta. Va su reputacion en ello.
De todas formas, creo que para codigo PHP, lo que debes hacer es usar productos como zend encoder (creo que se llama asi). Mas o menos lo que hace es "compilar" la aplicacion de tal forma que lo que tienes en el servidor no es el codigo fuente, sino simplemente el "ejecutable". Sin codigo fuente, no pueden modificarlo. Pero el zend encoder creo que es un modulo del servidor, y no recuerdo si es de pago.
Y para los datos, si, es bueno encriptarlos. Pero si tu codigo PHP los desencripta, ese codigo esta al alcance del hosting. Y sin no los desencripta, puede "saltarselo".
De todas formas, prefiero confiar en la profesionalidad de la empresa de hosting. Lo mismo que confias en la profesionalidad del que te realiza las copias de las llaves de tu casa, o confias en el que te vende el ordenador con el sistema instalado (confias en que no te instale spyware).
De todas formas, poniendo el correspondiente copyright y teniendo pruebas de que es obra tuya, puedes hacer que se le caiga el pelo.
Y como soy informatico, si me cabrean les hundo el servidor
Saludos.