md5 es una función que te permite encriptar una variable, para ver como funciona podés fijarte en el manual oficial de php:
http://ar2.php.net/manual/es/function.md5.php
en tu caso deberías insertar la encriptación de tu variable en la base de datos y depués, para autenticar, encriptar la cadena escrita por el usuario en el campo de contraseña y compararla con la almacenada en la base, espero que te ayude.