Bueno .. para ejecutar comandos en el "terminal" (consola) del servidor .. debes usar las funciones de:
exec() .. system() y afines para ejecutar esos comandos própios del S.O. que use dicho servidor (y que variará si es un Linux, ..o un Windows o el S.O. que use).
A todo esto, PHP tiene que tener permisos para ejecutar dichos comandos. Configuraciones de PHP tipo "Safe Mode" no permiten ejecutar comandos en la "consola" y a nivel de permisos y restricciones que tiene PHP como usuario del sisitema (PHP sale al sistema con usuario "Nobody" o el que use "Apache" en sistemas *NIX (Linux, etc).) así podrá ejecutar comandos.
Pero, .. si lo que buscas es sólo "mover archivos, renombrar, copiar .. etc" para eso PHP ya dispone de funciones para manejo de archivos. De forma totalmente transparente para el S.O. que use el servidor= mismo código -> da igual el S.O. del servidor ..
Me refiero a las funciones que encontraras en:
http://www.php.net/manual/en/ref.filesystem.php
como .. copy(), chmod(), mkdir(), etc. dir()
Con todas esas funciones podrás recorrer
dinámicamente direcctorios de tu servidor y realizar las acciones que necesites.
Un saludo,