Hola,
¿Que version de PHP te bajaste? Si era la del instalador para windows (.msi), creo recordar que era solo la version CGI. Si te bajas he instalas el .zip tendrias que poder instalarlo sin problemas.
De todas formas mirate
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpmysqlap/ por si se te ha pasado algo.
Suerte.