Supongo que cuando mencionas el termino "carpeta seleccionada" te refieres a una "carpeta" (directorio) de tu servidor (no al cliente-PC usuario).
En tal caso.. tienes el objeto predefinido:
dir()
www.php.net/dir
que te ayudará en la taréa de mostrar esos archivos que contenga la carpeta seleccionada.
El resto .. sobre el tema de gestionar checkbox tipo "hotmail" tiens una FAQ que comenta el tema. (de las últimas)
Un saludo,