Bueno .. si vas instalar sobre windows te recomiendo leer esta guia de instalación:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpmysqlap/
El resto y sobre todo "compatibilidad" del resto de aplicaciones depende directamente de la configuración de PHP que uses. Sobre todo del estado de la directiva (php.ini) register_globals que .. tus scripts requieren que esté a ON por la versión que usas en la que todavía no habían aparecido los arrays superglobales (que igualmente puedes empezar a usar independiente del estado de esa directiva).
Esa sería una de las principales directivas de configuración que debes ajustar para obtener esa compatibilidad con tus "viejas" aplicaciones. El resto ya las irás viendo según trabajes con PHP y tus viejas aplicaciones. Es insprescindible conocer la configuración de PHP .. por que de eso depende de "como" podemos o debemos programar .. todo eso lo detalla el php.ini y la documentación asociada de
www.php.net
Un saludo,