Pues puedes hacerlo de dos formas:
1) dejando referencia del URL/path de ese archivo en un campo de tu BD (sería uno de texto normal: VARCHAR o similar)
2) Dejando en la BD completamente el archivo en modo binario (usando campos tipo BLOD)
En ambos casos .. lo primero que te hace falta es hacer llegar el archivo al servidor para "moverlo" hacia donde corresponda: 1) hacia el directorio destiono .. 2) hacia la el campo de la BD.
Tienes un tutorial sobre el punto 2) que te puede servir como referencia (incluso para adaptarlo al punto 1) en:
http://www.forosdelweb.com/showthrea...hreadid=127775
Un saludo,