Suced eso porque utilizas solo una vez mysql_fetch_array(), por lo que solo te devolvera el resultado de la primera fila. Si lo llamas otra ves te devolvera la segunda, luego la tercera y asi sucesivamente hasta el final. Proceso que se realiza cuando utilizas el bucle while().
Te digo esto para despejarte de dudas, porque a la autentificacion la haces incorrectamente, o mejor dicho de una manera poco practica.
Lo que estas haciendo on ese select es devolver toda la lista de usuarios, y luego realizas la comparacion con PHP.
Lo mejor ( y mas optimo ) seria realizar esa validacion directamente con MySQL
Código PHP:
$query = mysql_query("SELECT * FROM administrador WHERE login='$loginuser' AND passwdencriptado=MD5('$passwduser')");
if ( mysql_num_rows($query) > 0 ) {
// se valido el usuario
} else {
// NO se valido el usuario
}
Saludos