Esto es porque los saltos de linea (enters) no son tomados como tal por los navegadores que interpretan HTML.
Para resolver esto, debes aplicar la funcion nl2br() a la variable que muestras.
Tambien es recomendable aplicar antes otra funcion llamada htmlentities() para evitar posibles ataques al servidor.
Mira por estos lados:
http://ar.php.net/manual/es/function.htmlentities.php http://ar.php.net/manual/es/function.nl2br.php
Un saludo.