En PHP . inente no hablar con terminos como "mi BD del server" ... pues PHP tiene la virtud de trabajar con multitud de BD entre las más usadas y comunes está Msyql (esto evitará confusiones .. sobre todos a los que no lean desde el principio tus mensajes).
Sobre lo que comentas de importar tus datos de tu Exell (.xls) a Msyql .. tienes aplicacioens que ya lo hacen más o menos automático. Estas son los "GUI" (graphical User Interface) para Msyql.
Ejemplos (que lo hacen directamente .xls -> BD Msyql)
www.mysqlstudio.com www.mysqlmanager.com
(ambos soft. de pago pero exelentes para trabajar desde windows con Mysql).
Si no puedes usar ese tipo de software .. recuerda que tu .xls puedes exportalo (desde Exell) a formato standard CSV (campos separados por comas y registros por salto de línea). Ese formato lo puedes importar directamente desde SQL de Msyql con la instrucción:
LOAD DATA
http://www.mysql.com/doc/en/Loading_tables.html
Y.. como instrucción SQL que es .. puedes "ejecutarla" con la función:
mysql_query() desde PHP.
Y el mismo CSV generado desde Exell puedes usar la aplicación phpMyadmin (que supongo que usaras para administrar tus BD Msyql?)
Un saludo,