Desde PHP puedes lanzar comandos a la Shell del servidor (del S.O. mejor dicho) siempre y cuando PHP en su configuración te lo permita y depende del comando a ejecutar .. que el usuario que "sale" PHP al S.O. (normalmente "Nobody" o "Apache" en sistemas Linux .. ) lo permita.
Esas llamadas al S.O. para ejecutar el comando que necesites (dependerá del servicio .. S.O. que uses .. etc a ejecutar) las puedes usar con funciones como:
exec() .. system() y afines
www.php.net para más info.
Un saludo,