Hola,
Se que con el mod_rewrite se pueden evitar la accion de estos robots, al menos de los que se indentifican en el user-agent. En
http://www.forobuscadores.com/foros/...showtopic=1889 muestran como evitar multitud de bots, tanto de los que te descargan toda la pagina, como los recolectores de emails. Antes de usarlo, te recomendaria que investigases un poco cada bot para asegurarte de que lo quieres "capar".
Si no tienes opcion de usar el mod_rewrite, siempre podras evitar que accedan al HTML generado por tus scripts PHP añadiendo al comienzo de tus scripts una linea que compare el valor de $_SERVER['HTTP_USER_AGENT'] (creo que lo he escrito bien) con una lista de expresiones parecidas a la del mod_rewrite.
Por cierto, via HTTP nunca van a acceder al codigo fuente de tus scripts. Toda peticion HTTP es interpretada por el servidor web que responde con el HTML generado por el script PHP.
Saludos.